Ayólotl: corazón de agua cuenta la historia de Xóchitl, una niña de siete años de edad, y su tío Felipe, un chinampero de Xochimilco, quienes a partir de un rumor de que “hay un monstruo en los canales”, hacen un recuento de los diversos factores, como la urbanización desmedida y la contaminación del agua, el turismo nocivo, entre otros, que han puesto en peligro de extinción a los ajolotes.
Sin embargo, a pesar del panorama sombrío, la esperanza llega con la mirada alentadora de Xóchitl de lo que se puede hacer para contrarrestar los actos destructivos del ser humano.